연구소의 주요 연구개발 실적 중 Cepha계열 항생제인 Cefuroxime axetil, Cefodizime sodium 대웅의 특허기술로 국내 최초로 산업화에 성공하였으며, Ceftriaxone sodium등 주사제용 원료의약품 등은 신공정을 개발하여 산업화 하였다. 이중에 국내 최초, 세계 2번째로 개발하여 산업화한 무정형 Cefuroxime axetil은 99년 중소기업 기술혁신상과, 99년 정밀기술진흥대회 금상을 수상한 바 있다. 또한 주요생산품중의 하나였던 Amoxicillin은 제조 및 품질향상 연구로 국내 최초 FDA 허가를 1994년도에 획득하여 미주시장진출의 발판을 마련하였으며, 99년 산업기술자원부의 청정기술개발과제를 성공적으로 완료하였다.

위궤양 치료제인 Lansoprazole과 Rabeprazole 및 항진균제인 fluconazole 등 제네릭 제품의 연구개발 및 생산적용 함으로써 자사의 매출에 기여하고 있다.
대웅바이오 연구소는 대웅제약 연구팀과 공동으로 세계에서 2번째, 국내에서 첫번째로 코엔자임 Q10의 산업화에 성공하였다. 코큐텐은 인체의 모든 세포와 혈액중에 존재하는 에너지 대사과정에 필수인자이며, 탁월한 항산화력을 가져 의약품 및 건강기능성 식품 원료로 전세계적으로 널리 응용되는 소재이다.

현재 주요생산품목 중 하나인 우루사의 주원료, 우루소데옥시콜릭에시드(UDCA) 역시 끊임없는 연구개발을 통하여 세계 최고 수준의 품질로 UDCA를 생산하고 있으며, 연간 매출액이 600억에 달한다.
또한 메로페넴을 연구 개발하여 현재 세계 최고수준의 품질의 메로페넴을 카바페넴 계열 전용동에서 생산하고 있다. 카바페넴(carbapenem)은 항균영역이 가장 넓은 항생제로 그람양성균, 그람음성균 및 혐기성 세균에 모두 항균력이 좋은 항생제이다. 10여 년 전부터 사용되고 있는 이미페넴(imipenem)은 신장에서 가수분해된다는 점과 중추신경계에 부작용이 있어, 이러한 단점을 보완한 메로페넴(meropenem)의 합성법을 개발하여 생산하고 있다.
2011년 8월에는 특허받은 순수 국내기술로 합성한 Iopromide 성분의 조영제, 네오비스트를 출시하였다. 자사의 Iopromide는 고수율 고순도로 제조 되었고, 불순물이 적어 타사 제품들에 비하여 안정성이 뛰어나다. 이를 발판으로 차세대 조영제 연구에도 힘을 쓰고 있다.

본 연구소의 축적된 기술력은 2000년 ‘기술경쟁력 우수기업으로 선정’과 같은 객관적인 인증을 받고 있다. 본 연구소의 산업화 연구의 핵심 중 Pilot연구는 그 동안 축적된 ‘안정적 산업화를 위한 Pilot기술과 방법’으로 제품별 산업화의 성공률을 높이는데 중추적인 구실을 하고 있어 국내 원료의약품 No.1 연구소로 발전해 나가고 있다.